过去大战时期，日(rì )本帝国陆军(jun1 )为将咒术运用在(zài )军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳(yáng )师安倍晴明的(de )后裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功(gōng )缔造日本咒术界的改革，成为现代咒(zhòu )术之父。大战末期，处于败势的帝国(guó )陆军要求夜光实行大规模咒术仪(yí )式以挽回局势，但结果仪式失败，不仅做为执行者的夜光身亡，还强烈地扰乱首都东京的灵气，使东京百(bǎi )鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各(gè )地－主要是东(dōng )京－发(fā )生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。土御门春虎是个(gè )出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后(hòu )代，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目(mù )。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人(rén )，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来......